本公司組織系統包括董事會、監察人會,總公司及營業單位。董事會置董事15人,互選常務董事5人,其中 1人任董事長。監察人會5人,其中 1人任監察長。稽核室及風險管理室隸屬董事會。總公司置總經理1人,副總經理1~3人及法遵長1人,設置法務暨法遵室、財務部、信託部、業務發展部、審查部、專業金融部、行政管理部、資訊部、資訊共用部、會計室、國外部等11個單位。國內營業單位包括營業部、臺中分行、高雄分行、新竹分行及嘉義分行共5個營業據點,組織架構如下圖:
全國農業金組織架構圖
註:依農業金融法第18條、第24條及本公司組織規程第七條規定,本公司另設置
  1. 授信審議委員會
  2. 相互支援基金管理委員會
  3. 信託財產評審委員會
  4. 風險管理委員會
  5. 資產負債管理委員會
  6. 專案輔導委員會
  7. 投資審議委員會