本公司組織系統包括董事會、監察人會，總公司及營業單位。董事會置董事15人，互選常務董事5人，其中 1人任董事長。監察人會5人，其中 1人任監察長。稽核室隸屬董事會。總公司置總經理1人，副總經理1~3人及法遵長1人，設置法令遵循室、財務部、信託部、業務發展部、審查部、專業金融部、行政管理部、資訊部、會計室、國外部、風險管理室、資訊安全部等12個單位。國內營業單位包括營業部、桃園分行、新竹分行、臺中分行、臺南分行、嘉義分行及高雄分行共7個營業據點，組織架構如下圖：

註：
1.依農業金融法第 18 條、第 24 條及本公司組織規程第 7 條規定，本公司另設置

• 授信審議委員會
• 相互支援基金管理委員會
• 信託財產評審委員會
• 風險管理委員會
• 資產負債管理委員會
• 專案輔導委員會
• 投資審議委員會
• 個人資料管理制度推行委員會
• 法令遵循暨防制洗錢及打擊資恐委員會
• 永續發展委員會

2.依農會法施行細則第40條及本公司純益提撥各級農會輔導及推廣事業費收支保管暨運用辦法第4條之規定，本公司另設置

• 各級農會輔導及推廣事業費審議小組
• 各級農會輔導及推廣事業費工作小組

3.資訊安全長由副總經理以上或職責相當之人兼任。